有缘人,你好,很高兴你能够看到这封招募信。

首先,自我介绍一下,我是李剑峰,目前在上海交通大学医学基因组学国家重点实验室、国家转化医学中心(上海)、上海血液学研究所攻读生物信息学博士研究生。我从硕士一年级开始接触生物信息学,一直处于不断学习和进阶的状态,主攻方向主要两块:急性淋巴细胞白血病的分子分型和治病机制研究;医学大数据及其生物信息学应用开发。在硕士阶段我以第一作者发表SCI论文两篇(合计影响因子>11),中文核心一篇,其它中英文共同一作文章和共同作者文章3篇。同时,作为生物信息学中文学习社区生信技能树的核心成员之一,建立并维护生信技能树社区的VIP论坛。2017年开始,我建立了自己的个人博客持续进行写作和分享各类生物信息学方向的文章,同时也在维护多个生物信息学开源项目,见GitHub主页。

这封信的主要目的是想招募并寻求建立一个生物信息学创新项目实践小组(包括但不限于生物信息学/机器学习相关方向),这里先姑且叫它:Bio-X 小组。

Bio-X 小组 主要聚焦于:生物信息学文字或视频教程策划(深度+主题高覆盖)、生物信息学习资料和书籍翻译(英译中、中译英)和评论、发起/贡献高质量生物信息学开源项目。希望可以建立一个社区驱动的学习型社群,达到成员整体的共同进步。

如果你想作为资助人支持这个项目的发展(提供经费或者技术指导),可以直接通过邮件联系我:lee_jianfeng@sjtu.edu.cn。

发起这个计划的想法主要萌芽于谷歌的Google Summer of Code(GSoC)项目。另外,不出意外的话,国家后续会进一步加大生物信息学(特别是医学健康数据管理、挖掘和转化)方向上的投入,相关方向非常值得我们去发展和钻研。

“Google Summer of Code是Google每年举办的一个活动,从2005年开始到现在已经举办了十三届。Google在GSoC中的角色是一个平台和资金的提供者。通过这个平台,学生能够找到自己心仪的开源组织,为了能获得实现项目创意的资格而展开竞争。申请期截止之后, 开源组织会把自己选中的人选提供给Google,由Google决定最终的入选人员。 如果成功入选,入选者要在6-8月全职为开源组织coding来实现自己申请的项目创意。在整个历程中,学生和组织会经历Google的三次审核。 工作量不达标的,会被取消资格。因为学生需要全职工作,Google会提供给学生一定数目的津贴。 2017年提供给中国大陆的学生的标准是3600刀每人。参加GSoC并不是报名注册那么简单的事情。 根据GSoC 2017的数据, 在注册的20651个学生里面有4764个提交了propsoal,最后被接受的学生有1318个。 从参加学生的国家来看, 印度569,美国126,德国55,斯里兰卡54,俄罗斯54,中国大陆49 人员的分布基本这几年这样是稳定的。参与申请GSoC的过程中,可以说每一个你感兴趣的组织里面都会遇到很多的印度同学, 可能到最后你甚至会记下几个熟悉的印度姓氏。来自美国的同学比想象中少的原因可能是因为Google给的津贴比起他们在当地的IT企业里面能找到的实习工资还是少很多的。而来自中国大陆的同学的49人,完全和我们计算机科学学科的同学的数目不成比例。尽管有一定的语言因素, 我还是认为这里最大的问题是信息鸿沟。以中国同学的竞争力,这里参加人数最多的应该是我们。”

引自:https://www.cnblogs.com/whensean/p/GSoC_intro.html

建立Bio-X小组的目的主要有以下几点:

  • 打破实验室/机构之间的界线,加速生物信息学项目的孵化和发布
  • 认识更多优秀的朋友
  • 吸引更多人参与国内/国际生物信息学社区/项目建设
  • 为小组成员(小学生/初中生/高中生/本科生/研究生/科研工作者)提供生物信息学项目创意分享的平台
  • 为小组成员提供项目实践机会,积累项目经验和知识,锻炼和提升相关技能

Bio-X 小组初期主要架构设想:

  • 初创成员组(制定组织的发展计划、负责管理和协调组织的日常事务、总结汇报组织的发展状态)
  • 项目创意分享组(负责提供生物信息学项目设想和点子)
  • 项目创意实践组(负责项目的实际开发、测试、发布、运维)
  • 审核和监督组(负责审核、考察、监督和评估各个项目进展和完成情况)
  • 资助人(经费支持或者技术指导)

Bio-X 小组初步发展计划:

  • 2019年3月-2019年6月:招募组织成员、建立初创成员组,建立组织线上交流机制、试运行并开展实际项目,同时完善组织运转流程
  • 2019年3月-2019年10月:孵化并发布3-5个生物信息学开源项目
  • 2019年10月:成员线下交流,总结和共享项目成果

如果你希望加入/资助这个组织,请发送一份简历至 lee_jianfeng@sjtu.edu.cn,并告诉我你参加/资助这个组织的目的、期望达到的目标,同时附上你期望在组织中能够发挥的作用。如果你通过筛选,我会通过邮件的形式发送正式邀请信,并告知进一步交流方式。

期待你的加入!!!

同时,也欢迎优秀的你申请医学基因组学重点实验室、国家转化医学中心(上海)、上海血液学研究所实习或者攻读硕士/博士研究生,我会优先向认识的老师推荐。这里真的是样本多,经费充足,计算资源几乎没有限制。